Jawatankuasa Nasional Indonesia Pusat (KNIP) dan Badan Pekerjanya (BP-KNIP) pada masa revolusi dua kali mengadakah hijrah. Kerana situasi dianggap terlalu riskan, dan agar Revolusi Indonesia tetap berjalan. Berkedudukan awal di Jakarta, dengan tempat bersidang di bekas Gedung Komedi (kini Gedung Kesenian Jakarta) di Pasar Baru dan di bangunan Palang Merah Indonesia di Kramat Raya. Sekitar tahun 1945 KNIP dipindahkan ke Yogyakarta. Kemudian pada tahun itu pula, pindah ke Purworejo, Jawa Tengah. Sampai saat situasi Purworejo dianggap kurang selamat untuk kedua kalinya KNIP hijrah ke Yogyakarta. Pada saat itu Mr. Assaat duduk sebagai ahli sekretariatnya. Tidak lama kemudian dia dilantik menjadi ketua KNIP dan BP-KNIP.

Tahun 1946-1949 (Disember) ia menjadi Ketua BP-KNIP (Badan Pekerja Jawatankuasa Nasional Indonesia Pusat). Ia terpilih menjadi ketua KNIP terkini. Hingga KNIP dibubarkan, kemudian ia ditugaskan sebagai Pemangku Presiden RI di bandar perjuangan di Yogyakarta.